Le regole da rispettare a Guantanamo sono cinque:

1. non rifiutare il cibo - sottovuoto, preparato nel migliore dei casi 15 giorni prima negli Stati Uniti;
2. non gridare;
3. non insultare i secondini;
4. non provare ad affrontarli fisicamente;
5. non investirli con getti d'acqua o secrezioni corporee - urina, feci, saliva.

I reclusi della base militare sono praticamente isolati dal resto del mondo: possono parlare solo con i militari americani. Soltanto alla Croce Rossa è stato concesso l'accesso al campo per visitare i prigionieri, censirli e metterli in contatto con le rispettive famiglie. La prima visita è avvenuta il 18 gennaio 2002. Il Comitato internazionale della Croce Rossa non ha sollevato alcuna protesta, né rilasciato alcuna dichiarazione sul trattamento riservato ai detenuti poiché, come affermato nel comunicato stampa emesso il giorno della prima visita, il Comitato non rilascia dichiarazioni pubbliche sul trattamento dei prigionieri e sulle loro condizioni di detenzione.

Amnesty International, invece, non ha ricevuto alcuna risposta in merito alle proprie richieste di entrare nella base di Guantanamo. La possibilità di accedervi è stata riservata esclusivamente a pochi giornalisti che hanno potuto visitare soltanto alcuni settori, seguendo un percorso obbligato.

Le condizioni di detenzione dei reclusi a Guantanamo Bay e il modo in cui vi sono stati trasferiti hanno sollevato serie preoccupazioni. Nel volo di trasferimento, della durata di 22 ore, i prigionieri sono stati ammanettati, incatenati, costretti a indossare guanti, maschere chirurgiche e cuffie, bendati utilizzando occhiali da sci con lenti coperte da nastro adesivo. Barbe e capelli sono stati completamente rasati. In un primo momento i detenuti sono stati ospitati nel campo X-Ray, una struttura composta da piccole gabbie costruite con griglie di metallo esposte agli elementi e illuminate da potenti proiettori. I prigionieri erano messi ai ceppi ogni volta che venivano condotti fuori dalle celle e non gli era consentito l'esercizio fisico. Successivamente è stato costruito il campo permanente di Camp Delta, dove a partire dall'aprile del 2002 sono stati trasferiti i reclusi. I prigionieri hanno continuato ad essere rinchiusi per 24 ore in celle ancora più piccole di quelle di X-Ray. A più riprese, alcuni hanno iniziato lo sciopero della fame e sono giunte notizie di più di 32 tentativi di suicidio. Ad un quinto dei prigionieri sono somministrati farmaci antidepressivi. Alcune stanze sono state adibite a sale dove avvengono gli interrogatorii nelle quali i detenuti sono trattenuti per un tempo anche molto prolungato. Gli interrogatorii sono condotti utilizzando varie tecniche, di cui un esempio efficace è rappresentato dallo stress and duress , utilizzato per spezzare la loro volontà di resistere : i prigionieri sono costretti a stare in ginocchio per ore con le mani legate dietro la schiena, in celle insonorizzate, con un cappuccio in testa o con gli occhiali da saldatore oscurati con la vernice, per indurre loro una privazione sensoriale. Altra tecnica applicata è quella della privazione del sonno.